航行中的舰队由于资源问题而逐渐变得压抑起来。在发生了船员逃离事件后，终极规律号副舰长枪杀舰长并向其他舰船发射了次声波氢弹。此时已控制了自然选择号的章北海在发现了攻击之后最终选择了放弃。蓝色空间号在褚岩的带领下已经进入真空防御状态，在受到攻击后无一伤亡并发起了反击并击沉了终极规律号。此次黑暗战役仅蓝色空间号得以留存并拥有了恒星际飞行能力。
木星基地亚洲舰队指挥中心察觉自然选择号的逃离行为后，迅速响应拦截自然选择号，此时蓝色空间号舰长褚岩呼叫基地并请求追击，司令批准了褚岩的请求，然而第二空港为蓝色空间号提供调度时蓝色空间号也选择了逃离。三大舰队两千舰船在木星附近集结进行三体探测器的拦截，并由螳螂号捕获到了水滴，之后水滴摧毁了螳螂号和三大舰队。另一面，得到消息的自然选择号舰长与追击自然选择号的另外四艘战舰全体官兵向章北海宣誓效忠。
章北海苏醒后，得知舰队的天空战略任在两个世纪前的框架之内，之后亚洲舰队司令向他说明了钢印族的事情以及任命增援未来计划成员为执行舰长的决定，并任命章北海为亚洲舰队自然选择号执行舰长。在路上，章北海遇到了丁仪，交谈中得知200年时间人类在基础理论上仍然没有进展。之后，在自然选择号舰长东方延绪的带领下来到了自然选择号，并跟随东方学习了舰船的操作，之后，操纵自然选择号逃离。
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